Method

Finding the transgene insertion site

Package Build / 2024-09-22

需解决的问题：转基因株系出现某种表型，发现可能是因为转基因片段插入，导致某个基因功能缺失。那么具体插在哪条染色体和那个基因，通过全基因组重测序，分析插入位点。 […] # macOS安装miniconda brew install --cask miniconda 2. 创建新的Conda环境创建一个名为 tomato_reseq 的新环境，并激活它： # 添加bioconda和conda-forge频道 conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config…

Method

How to find the corresponding tomato IL and BIL lines according to SL gene

Package Build / 2024-09-12

ILs主要是通过LA0716和M82杂交，然后重复回交，最终染色中含有LA0716单一染色体片段。目前，使用的ILs有76个，覆盖了整个番茄基因组，图中A图的黑色线段就是LA0716的染色体片段。这些ILs，为QTL鉴定作出了重要的贡献。 BIL是通过LA0716和M82杂交，然后与M82回交2-3代，最后自己8代，最终得到染色体中有多个LA0716片段，且片段更小，图中为BILs构建的过程。目前，BILs的数量为466个line，相比ILs，能够更精细的确定性状相关区域。 […] […] 换种说法，就是SP基因在M82中表达，有点类似在M82中做了转基因，使其表…